Parece algo fácil encordar una guitarra, y se puede realizar de muy diversas formas, aunque si se quiere conseguir un buen afinado de tu instrumento se de hacer de forma correcta.
Encordar bien desde un principio quiere decir acostumbrarse a obtener una buena afinación del instrumento en poco tiempo.

Cortar o no cortar.
El mito de que no se deben cortar las cuerdas antes de ponerlas en el instrumento sigue vivo. Según esta teoría se debe colocar la cuerda, afinar y, sólo entonces, cortar la longitud sobrante. La razón que se alega es que el entorchado puede aflojarse echando a perder la cuerda.
Sin embargo la mayoría de las cuerdas se fabrican en la actualidad con un entorchado suplementario de seda en el extremo libre, literalmente sobre el núcleo de la cuerda, para impedir que esto suceda. Si no fuera éste el caso bastará, de todos modos, con doblar la cuerda 90º un centímetro justo antes del corte.

No enrollar demasiado
Los mejores resultados se consiguen cuando una cuerda da entre dos y tres vueltas y media en el poste de la clavija. Cuanto más larga sea la cantidad de cuerda alrededor de la clavija más inestable será la afinación, ya que la cuerda cede y se recoloca de manera desigual; a medida que la tensión se redistribuye por la cuerda, ésta se afloja repentinamente produciendo un ruido característico y lanzándote de cabeza fuera del tono en mitad de la interpretación.

De una en una a ser posible
Cambiaremos las cuerdas de una en una, no todas a la vez. De esta manera, el mástil no sufrirá por los cambios de tensión.

Colocar cuerda en GUITARRA ESPAÑOLA, parte inferior

La siguiente imagen representa la parte inferior de la guitarra, denominada PUENTE. Fije el final de la cuerda al puente y cruce varias veces la cuerda, para que no haya deslizamiento.

Colocar cuerda en GUITARRA ESPAÑOLA, parte superior

La siguiente imagen representa la parte superior de la guitarra, EL CLAVIJERO.

Colocar cuerda en GUITARRA ELÉCTRICA o ACÚSTICA, parte inferior

La siguiente imagen representa la parte inferior de la guitarra, EL PUENTE. Para su seguiridad, asegúrese que las cuerdas están aflojadas, podría producirle daños en las manos. La estructura del puente de la acústica se muestra en la figura inferior, la eléctrica es similar.

Colocar cuerda en GUITARRA ELÉCTRICA o ACÚSTICA, parte superior

La siguiente imagen representa la parte superior de la guitarra, EL CLAVIJERO. Gire las clavijas de las cuerdas 4ª, 5ª y 6ª en el sentido de las agujas del reloj, y la 1ª, 2ª y 3ª en sentido contrario. 6 ú 8 vueltas para 1ª y 2ª , 3 o 4 vueltas de 3ª a 6ª cuerdas. En la imagen inferior se muestra la manera correcta de enrrollar la cuerda al poste del clavijero, los dos que se indican como mal son por excesivo enrrolle y escaso enrrolle de la cuerda.

Fuente: www.guitaracordes.com